O jogo tem início quando Cortex está em sua nave planejando o próximo esquema para derrotar Crash e dominar o mundo. Desta vez ele planejou encolher o planeta com seu Minimizador e, assim, ter o planeta Terra em suas mãos literalmente. Crash, Coco e Aku Aku então iniciam sua busca pelos cristais do poder que são o único recurso disponível para reverter o dispositivo de Cortex.

Cristais do Poder: Você ganha um cristal do poder ao coletá-lo em algum lugar das fases. Normalmente aparece em seu caminho normal, sem a necessidade de ficar procurando. Após coletar o cristal e sair da fase, o modo Time Trial, onde você pode conquistar Relíquias, estará desbloqueado para aquela fase.

Joias: São prêmios que o Crash conquista após cumprir algum objetivo específico nas fases. Alguns consistem em atravessar um local de difícil acesso, outros (e está em todas as fases) consistem em destruir todas as caixas das fases.

Relíquias: Quando você conseguir um cristal do poder e chegar ao final da fase e retornar a essa mesma fase, um relógio dourado aparecerá logo que entrar nela. Pegue o relógio e corra a toda velocidade, pois, dependendo do tempo obtido, Crash pode ser recompensado com relíquias que variam quanto ao tipo: safira, ouro e platina. Confira no link Dicas dos Jogos os tempos de cada relíquia em cada fase do jogo. Para ficar mais fácil conquistar a Relíquia de Platina, sugiro que tente apenas quando conseguir o Poder de Super Sapatos no Warp Room 4 após derrotar Neo Cortex.

Controles: Use o botão A para Pular, B para Girar, R para Agachar, R + D-pad para os lados para Rastejar, R enquanto estiver andando para Derrapar, Start para Pausar e Select para ver Informações de Tela. Outros poderes são desbloqueados no decorrer do jogo, com seus comandos específicos.

Jungle Jam

1 | 42 | 1 | 1

0:35.50 0:27.50 0:21.80

A fase é na floresta de N. Sanity Island.

Dicas: Após a plataforma da sala de bônus você verá caixas no ar. Para alcançar a caixa de ferro, pule sobre a caixa de madeira mais baixa, e aperte novamente o botão de pulo assim que encostar nessa caixa para pegar impulso e conseguir chegar à caixa de ferro. Sobre essa caixa há outra com uma vida.

Destrua todas as 42 caixas da fase.

Shipwrecked

1 | 63 | 1 | 1

1:17.70 1:07.70 0:54.40

Fase no fundo do mar.

Dicas: Tome cuidado com os tubarões e as bombas. Pegue todas as caixas normalmente e não esqueça do cristal. Para pegar as relíquias mais rápido nessa fase, pressione rapidamente os botões (Do GBA, não do seu teclado, olhe e configure lá em options) A  ou o giro utilizando B,  daí você nada mais rápido.

Destrua todas as 63 caixas da fase.

Temple of Boom

2 | 74 | 1 | 1

1:02.70 0:55.70 0:49.00

Dicas: Outra fase na floresta. Tome mais cuidado, pois logo no início da fase há um buraco. Não pule! Desça nele e deslize para a direita (Direita + R) para quebrar as caixas. Quebre a outra caixa ali no final e depois deslize novamente, mas para a esquerda agora e então saia do buraco. Perto do último checkpoint você verá outro buraco. Não desça nele, é perda de tempo. Você só pode descer lá após coletar a jóia vermelha na fase Star to Finish (16) no último Warp Room. Nesse buraco tem a plataforma para a área secreta que ganha a segunda joia prateada.

Destrua todas as 74 caixas da fase.

Pegue na área secreta após coletar a joia Vermelha.

Frostbite Cavern

1 | 114 | 1 | 1

1:31.70 1:17.10 1:06.00

Primeira fase de gelo no jogo. A fase compõe 3 partes, tendo caixas na primeira, na segunda e algumas na terceira, além do bônus na terceira parte. Durante o Time Trial, não se esqueça de pressionar B para correr mais rápido.

Destrua todas as 114 caixas da fase.

Just in Slime

1 | 134 | 1 | 1

1:39.40 1:15.60 1:06.50

Destrua todas as 134 caixas da fase.

Tiny Tiger

Super Esmagada

Em primeiro lugar, não gire ou toque no escudo de Dingodile sem uma máscara Aku Aku. Primeiro Dingodile irá lançar mísseis para o ar, fazendo cair espinhos. Desvie dos mísseis e dos espinhos e espere ele fazer o retorno. Uma hora vai cair um espinho em cima do escudo dele, quebrando-o, daí é hora de atacar. Você terá uns 3 a 4 segundos para girar antes que o escudo reapareça. Repita isso 3 vezes, tomando sempre cuidado.

Poder Extra: Super Belly Flop (super esmagamento).